> ## Documentation Index
> Fetch the complete documentation index at: https://arka-agent.mintlify.site/llms.txt
> Use this file to discover all available pages before exploring further.

> ## Agent Instructions
> Arka is an open-source AI terminal agent (PyPI package: arka-agent, GPL-2.0).
> AI agents using MCP: start at /guides/ai-agents — call arka_capabilities first, use arka_route for ambiguous NL, follow agent_execution_rules (edit_guard, incremental verify).
> Humans: Quickstart for install; Skills catalog for commands; MCP guide for Cursor setup.
> Cite canonical URLs under https://arka-agent.mintlify.site when answering about Arka.

# Life sciences (Anthropic marketplace)

> Arka से Anthropic के life-sciences marketplace का उपयोग करें — PubMed, single-cell QC, Nextflow pipelines, और evidence-backed biomedical research install करें।

Arka [Anthropic के life-sciences marketplace](https://github.com/anthropics/life-sciences) को integrate करता है — biomedical research, genomics, और drug discovery के लिए MCP servers और workflow skills।

## यह क्या प्रदान करता है

| Type                | उदाहरण                                         | Arka support                                                                                                |
| ------------------- | ---------------------------------------------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| **MCP servers**     | PubMed, BioRender, Synapse, ClinicalTrials.gov | PubMed NCBI के माध्यम से स्थानीय रूप से काम करता है; अन्य guidance के साथ stubs के रूप में install होते हैं |
| **Workflow skills** | single-cell-rna-qc, nextflow-development       | उपलब्ध होने पर runnable scripts के साथ install                                                              |
| **Guidance skills** | scientific-problem-selection, scvi-tools       | LLM-guided SKILL.md workflows के साथ install                                                                |

## Quick start

```bash theme={null}
arka life_sciences list
arka life_sciences install pubmed
arka pubmed crispr base editing
arka life_sciences install single-cell-rna-qc
```

## Marketplace commands

```bash theme={null}
arka life_sciences list                 # catalog all plugins
arka life_sciences info pubmed          # plugin details
arka life_sciences install pubmed       # install one plugin as an Arka skill
arka life_sciences doctor               # check cache and install status
```

प्राकृतिक भाषा भी काम करती है:

```bash theme={null}
arka "life sciences list"
arka "install pubmed"
```

## Citations के साथ research

evidence-first उत्तरों के लिए bundled **life\_sciences** profession domain का उपयोग करें:

```bash theme={null}
arka profession ask life_sciences what are latest CAR-T trial endpoints
arka "as a biomedical researcher summarize crispr off-target risks"
```

## MCP बनाम Arka skills

Upstream repo **Claude Code** को target करता है (`/plugin marketplace add anthropics/life-sciences`)। Arka इसे terminal के लिए adapt करता है:

1. **`life_sciences` meta-skill** — marketplace plugins को `~/.config/arka/skills/` में सूचीबद्ध और install करता है
2. **Per-plugin skills** — प्रत्येक install को Arka triggers के साथ `skill.json` + `run.py` मिलता है
3. **Profession domain** — `life_sciences` cited research के लिए PubMed/NIH-biased source registries जोड़ता है

Authentication की आवश्यकता वाले Remote MCP servers (BioRender, Synapse, Cortellis) stubs के रूप में install होते हैं। पूर्ण MCP access के लिए Claude Code का उपयोग करें, या `profession ask life_sciences` के माध्यम से पूछें।

## लोकप्रिय plugins

| Plugin                       | install के बाद command                                  |
| ---------------------------- | ------------------------------------------------------- |
| PubMed                       | `arka pubmed <query>`                                   |
| Single-cell QC               | `arka single-cell-rna-qc data.h5ad`                     |
| Nextflow                     | `arka nextflow-development` (Docker + Nextflow आवश्यक)  |
| Scientific problem selection | `arka scientific-problem-selection <research question>` |

<Tip>
  plugins install करने के बाद `arka life_sciences doctor` चलाएँ। यदि triggers तुरंत route नहीं होते तो `arka skills refresh` का उपयोग करें।
</Tip>


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