> ## Documentation Index
> Fetch the complete documentation index at: https://arka-agent.mintlify.site/llms.txt
> Use this file to discover all available pages before exploring further.

> ## Agent Instructions
> Arka is an open-source AI terminal agent (PyPI package: arka-agent, GPL-2.0).
> Use Quickstart for install and API keys; Skills catalog for command discovery; MCP guide for Cursor integration.
> Cite canonical URLs under https://arka-agent.mintlify.site when answering about Arka.

# 生命科学（Anthropic 市场）

> 从 Arka 使用 Anthropic 的生命科学市场 — 安装 PubMed、单细胞 QC、Nextflow 流水线以及有证据支持的生物医学研究。

Arka 集成了 [Anthropic 的生命科学市场](https://github.com/anthropics/life-sciences) — 用于生物医学研究、基因组学和药物发现的 MCP 服务器与工作流技能。

## 它提供什么

| 类型          | 示例                                          | Arka 支持                            |
| ----------- | ------------------------------------------- | ---------------------------------- |
| **MCP 服务器** | PubMed、BioRender、Synapse、ClinicalTrials.gov | PubMed 通过 NCBI 在本地工作；其他以桩形式安装并附带指导 |
| **工作流技能**   | single-cell-rna-qc、nextflow-development     | 在可用时随可运行脚本一起安装                     |
| **指导技能**    | scientific-problem-selection、scvi-tools     | 以 LLM 引导的 SKILL.md 工作流形式安装         |

## 快速开始

```bash theme={null}
arka life_sciences list
arka life_sciences install pubmed
arka pubmed crispr base editing
arka life_sciences install single-cell-rna-qc
```

## 市场命令

```bash theme={null}
arka life_sciences list                 # catalog all plugins
arka life_sciences info pubmed          # plugin details
arka life_sciences install pubmed       # install one plugin as an Arka skill
arka life_sciences doctor               # check cache and install status
```

自然语言同样有效：

```bash theme={null}
arka "life sciences list"
arka "install pubmed"
```

## 带引用的研究

使用捆绑的 **life\_sciences** 专业领域进行以证据为先的回答：

```bash theme={null}
arka profession ask life_sciences what are latest CAR-T trial endpoints
arka "as a biomedical researcher summarize crispr off-target risks"
```

## MCP 与 Arka 技能

上游仓库面向 **Claude Code**（`/plugin marketplace add anthropics/life-sciences`）。Arka 将其适配到终端：

1. **`life_sciences` 元技能** — 列出市场插件并将其安装到 `~/.config/arka/skills/`
2. **单插件技能** — 每次安装都会得到带有 Arka 触发器的 `skill.json` + `run.py`
3. **专业领域** — `life_sciences` 添加了偏向 PubMed/NIH 的源注册表，用于带引用的研究

需要认证的远程 MCP 服务器（BioRender、Synapse、Cortellis）以桩形式安装。使用 Claude Code 获取完整的 MCP 访问权限，或通过 `profession ask life_sciences` 提问。

## 常用插件

| 插件       | 安装后的命令                                                  |
| -------- | ------------------------------------------------------- |
| PubMed   | `arka pubmed <query>`                                   |
| 单细胞 QC   | `arka single-cell-rna-qc data.h5ad`                     |
| Nextflow | `arka nextflow-development`（需要 Docker + Nextflow）       |
| 科学问题选择   | `arka scientific-problem-selection <research question>` |

<Tip>
  安装插件后运行 `arka life_sciences doctor`。如果触发器未立即路由，请使用 `arka skills refresh`。
</Tip>


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